Kjarasamningar aðildarfélaga BHM við sjálfseignarstofnanir eru tvenns konar.
Annars vegar við sjálfseignarstofnanir í almannaþágu sem semja á grundvelli 2. gr. laga um kjarasamninga opinberra starfsmanna þ.e. eru á fjárlögum eða fá greiðslur frá ríkissjóði eða sveitarfélagssjóði. Sjá m.a. yfirlit kjarasamninga sem byggja á ríkissamningi/sjálfseignarstofnanir á heimasíðu Félags íslenskra náttúrufræðinga (FÍN).
Hins vegar eru samningar við sjálfseignarstofnanir sem semja á grundvelli laga um stéttarfélög og vinnudeilur en eru ekki fjármagnaðar að mestu leyti af almannafé.